提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
湖北省第三届冰雪大会启幕******
中新网恩施2月1日电 (董晓斌 高炜)第九届全国大众冰雪季启动仪式湖北分会场暨湖北省第三届冰雪大会1日在恩施土家族苗族自治州巴东县启幕,来自全国各地的游客与冰雪运动爱好者汇聚绿葱坡滑雪场,上演“雪上速度与激情”。
近年来,湖北省积极发展冰雪产业,建成冰雪场地37个,每年约600万人次参加冰雪运动。《湖北省人民代表大会常务委员会关于促进全省冰雪运动发展的决定》明确,加快建设国家冰雪运动“南展示范区”,推广群众冰雪运动,推动冰雪运动进校园,加快冰雪产业发展。
湖北省第三届冰雪大会在恩施启幕 高炜 摄本次冰雪季系列活动由湖北省体育局、湖北省教育厅、恩施州人民政府主办。期间,将举办单板滑雪回转、高山滑雪回转竞赛,同时举办冰雪运动之夜、冰雪趣味赛、青少年冬令营等系列活动,活动将持续到2月5日。
恩施位于湖北省西南部。近两年,恩施相继举办了第八届全国大众冰雪季、湖北省高山滑雪锦标赛等大型赛事活动,带动冰雪旅游持续升温,恩施州成为全国冬季旅游的重要目的地。
巴东绿葱坡海拔1800米,每年雪季长达3个月,冰雪资源得天独厚。自春节假期以来,绿葱坡滑雪场日均客流量超过4000人,本雪季旅游总人数超过6万人,带动实现旅游综合收入超过1亿元,周边配套发展民宿农家乐400余家,2000多人吃上了“冰雪旅游饭”。
冰雪运动爱好者上演“雪上速度与激情” 高炜 摄恩施州州委副书记、州长夏锡璠表示,恩施州将以此次冰雪大会活动为契机,挖掘冰雪资源优势、打造冰雪运动品牌,让冰雪运动“热”起来,推动恩施州冬季旅游高质量发展,为湖北省打造冰雪运动南展示范区注入强大动力。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |