提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中国船舶、中国融通、中国一重、中航集团主要领导调整******
中新网2月2日电 2月1日,中国船舶、中国融通、中国一重、中航集团四户中央企业主要领导进行调整。
温刚任中国船舶集团有限公司董事长、党组书记
据中国船舶集团有限公司网站消息,2月1日上午,中国船舶集团有限公司召开中层以上管理人员大会。中共中央组织部有关负责同志宣布了中央关于中国船舶集团有限公司董事长、党组书记任职的决定:温刚同志任中国船舶集团有限公司董事长、党组书记。相关职务任免按有关法律和章程的规定办理。
马正武任中国融通资产管理集团有限公司董事长、党组书记
据中国融通资产管理集团有限公司网站消息,2月1日上午,中国融通资产管理集团有限公司召开中层以上管理人员大会。中共中央组织部有关负责同志宣布了中央关于中国融通资产管理集团有限公司董事长、党组书记调整的决定:马正武同志任中国融通资产管理集团有限公司董事长、党组书记,免去其总经理职务;免去温刚同志的中国融通资产管理集团有限公司董事长、党组书记职务,另有任用。相关职务任免按有关法律和章程的规定办理。
徐鹏任中国一重董事、总经理、党委副书记
据中国一重网站消息,2月1日上午,中国一重集团有限公司召开领导班子(扩大)会议。受中央组织部领导委托,中央组织部有关干部局负责同志宣布了中央关于中国一重集团有限公司总经理调整的决定 : 徐鹏同志任中国一重董事、总经理、党委副书记,免去其东电集团董事、总经理、党组副书记职务。相关职务任免,按有关法律和章程的规定办理。
王明远任中国航空集团有限公司董事、总经理、党组副书记
据中国航空集团有限公司网站消息,2月1日上午,中国航空集团有限公司召开领导班子(扩大)会议。受中组部领导委托,中组部有关干部局负责同志宣布了中央关于中国航空集团有限公司总经理任职的决定:王明远同志任中国航空集团有限公司董事、总经理、党组副书记。有关职务任免按相关法律和章程的规定办理。(中新财经)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)